Nonostante "El Seba" non sia di Buenos Aires ha svolto tutta la sua intera trafila giovaniile con la maglia degli "azul y oro".

Il suo debutto tra i professionisti é avvenuto il 31 maggio 1998 e da subito é diventato un giocatore importante e titolare degli argentini.

Dopo 5 anni il trasferimento in Europa, negli spagnoli del Villarreal, stagione 2003/2004, squadra nella quale figuravano altre bandiere "boquensi" come Martín Palermo, Juan Román Riquelme, Diego Cagna, Rodolfo Arruabarrena e Fabricio Coloccini.

Battaglia giocó solo una stagione in Spagna prima di tornare agli xeneises (genovesi per via degli italiani di Genova che lo fondarono) e non riuscí mai ad esplodere in tutto quel talento di cui si parlava prima di arrivare al "sottomarino giallo", anche a causa di un brutto infortunio che lo tenne fuori quasi 6 mesi. Nonostante ció riuscí a vincere una "Coppa Intertoto" ed una "Coppa UEFA".

Di ritorno al Boca, Sebastian, prese la fascia di capitano e fu anche convocato in nazionale la prima volta per il match con il Perú per le qualificazioni ai mondiale l'8 ottobre 2005. Otto convocazioni in totale per lui con la squadra nazionale.

Il 23 Dicembre 2008, Battaglia, faceva parte della squadra che alzó il trofeo di Apertura, facendolo diventare uno dei piú vincenti giocatori della storia del Boca di tutti i tempi con 16 titoli.

Battaglia é considerato fortissimo a livello tattico. Forte fisicamente (178 cm), discreto tecnicamente, é il perno del gioco del Boca, da lui passano tutte le azioni di gioco dei giallo-oro. É un giocatore simile al nostro Daniele De Rossi, per personalitá e posizione. Anche Battaglia possiede un buon tiro da fuori area. Il soprannome che i tifosi del Boca gli hanno dato é "el leon" il che la dice tutta sul tipo di giocatore che é.

I trofei vinti da Battaglia:

Torneo Apertura Boca Juniors Argentina 1998

Torneo Clausura Boca Juniors Argentina 1999

Torneo Apertura Boca Juniors Argentina 2000

Torneo Apertura Boca Juniors Argentina 2003

Torneo Apertura Boca Juniors Argentina 2005

Torneo Clausura Boca Juniors Argentina 2006

Torneo Apertura Boca Juniors Argentina 2008

Copa Libertadores Boca Juniors Argentina 2000

Copa Intercontinental Boca Juniors Argentina 2000

Copa Libertadores Boca Juniors Argentina 2001

Copa Libertadores Boca Juniors Argentina 2003

Copa Intercontinental Boca Juniors Argentina 2003

Copa Intertoto de la UEFA Villarreal España 2004

Recopa Sudamericana Boca Juniors Argentina 2005

Copa Sudamericana Boca Juniors Argentina 2005

Recopa Sudamericana Boca Juniors Argentina 2006

Copa Libertadores Boca Juniors Argentina 2007

Recopa Sudamericana Boca Juniors Argentina 2008