Era il 12 settembre del 2006. Il portiere brasiliano, arrivato l'anno precedente come secondo di Curci, aveva conquistato un posto da titolare nella Roma di Spalletti. La gara finì 4-0, ma nel primo tempo, conclusosi 0-0, Doni è stato due volte decisivo con un intervento strepitoso su Brandao ed un secondo su Marica. La partita è finita poi 4-0 con le reti di Taddei, Totti, De Rossi e Pizarro.



Nella gara in Ucraina, il 22 novembre, la Roma esce sconfitta 1-0, ma Doni è il migliore in campo. Al 20' pt importante la sua parata su Marica (tiro da 20 metri), si ripete due minuti dopo su Srna in tuffo. Al 26esimo esce a valanga su Jadson lanciato a rete e nei minuti di recupero della gara evita il 2-0 respingendo su Brandao. La Roma esce sconfitta 1-0, un pareggio l'avrebbe qualificata agli ottavi. il passaggio del turno è rimandato alla gara successiva con Valencia in casa. I giallorossi hanno poi battuto il Lione negli ottavi, sono stati eliminati ai quarti dal Manchester United.